Na perspetiva de quem está de fora, acho que a troca de um 2.1 por um 2.5 vale a pena. Não tenho a certeza mas acho que 13 cv de diferença. Do 2.1 para o 2.3 creio que são 5 cv de diferença.
Não sou versado nessa alteração, que não é difícil, mas pode ser laboriosa, sobretudo se o doador for um Alter 2 ou uma Peugeot.
Sendo um 2.1, imagino que tenhas a caixa Ugo. A ser o caso, eu procuraria um conjunto de motor e caixas de um Alter 1, ou mesmo 2. Acho que são trocas que valem a pena.
Se trocas por um conjunto do Alter 2, terás caixas de alumínio, são bastante diferentes do que estás habituado. São menos barulhentas, mas a manete das velocidades não é tão precisa e também tens que trocar as transmissões.
Se arranjas um conjunto do Alter 1, continuas com caixa de 4 em ferro da ZF, com as mesmas características, mas mais robusta e fiável que a Ugo. Acho que as transmissões podem ser mantidas.
O pior será meter um motor de um Alter 2 no Cournil, mantendo as caixas de ferro (Ugo ou ZF). Implica bastantes alterações aos periféricos, pois os motores trabalham em posições distintas. Também terás que alterar o volante do motor no torneiro, pois altera o numero de furos.
Em suma e ignorando o estado potencial do material que terás que comprar eu escolheria a opção motor e caixa do Alter 1, no caso de querer gastar menos dinheiro. Se o orçamento não for muito constrangido, eu partiria para a opção do motor e caixa do alter 2 (atenção caixa de 5 velocidades, porque existem alguns alter com caixa de 4 em alumínio e essa transformação acaba por não valer tanto a pena).
Boa sorte.