Boas
Documentos
Na teoria deverias alterar o n.º de motor, isto porque, apesar de não vir mencionado nos documentos do carro que tens na tua posse, o n.º de motor só muito raramente não existe no registo da conservatória. Para isso precisarias de documentação da origem do motor, (Factura com n.º de motor, declaração de venda ou outro documento que comprove a origem do motor) fazer um requerimento ao IMTT. Com sorte livras-te de inspecção porque o motor tem a mesma cilindrada e o mesmo carburante, se não tiveres sorte, vais a uma inspecção mas nada de especial, a não ser o valor desta burocracia toda como é obvio.
Na prática, e nos dias que correm, só muito raramente vais ter problemas, uma vez que as inspecções actuais são realizadas pela documentação que está na tua posse e como dessa não consta o n.º de motor não existe qq problema. Correm rumores que as inspecções futuramente visaram mais aspectos sendo um deles o n.º de motor, agora se isso irá realmente avante não te sei dizer.
Quanto à Mecânica deixo para os entendidos.
Abraço
Bruno